ケミカルゲノミクスプロジェクトを開始し、約１年になります。今までおこなってきたゲノム関連の解析と分子設計関連との融合の状況をお知らせします。

バイオとケミカルの融合は必要
　当社実施のアンケートによると、１００％の研究者の方がバイオとケミカルの融合の必要性を感じていますがまだ具体的な実施にはいたっていないようです。その中でも特に、データベースやソフトウエアに期待する声が大半を占めています。そこで株式会社ワールドフュージョンでは、まずデータベース整備から着手しました。

LSKBと分子設計プロダクトで、構造から関連文献を特定
　ゲノミクスに利用するLSKBナリッジデータベースに搭載されている遺伝子、タンパク、疾患、組織、化合物データベースの充実を行いました。まずは第一段階として、化合物構造から類似構造を予測し、文献上に登録されている化合物を経由し関連文献が検索できるようにする、というシステムを考え、今年１月にその仕組みが完成しました。
　いったん文献にたどり着けば、今まで見えてこなかった関連遺伝子やタンパクなどが、２項関係や自然言語処理を通じて見えてくるはずです。

パスウエイ解析で毒性パスウエイやカンファレンスＣＤの分析
　もうひとつの分野として、システムバイオロジーの中でのパスウエイ解析をテーマにしました。公共にはさまざまなデータベースが存在しますが、ワールドフュージョンでは主に文献からパスウエイの展開を行っております。文献を対象としたパスウエイデータベースは、MEDLINEを対象に、自然言語解釈や、ヒューマンキュレートなどを行って、パスウエイを構築したデータベースがありますが、当社では、客観性をみて自然言語処理を積極的に利用しています。 　自然言語解釈は、フィルターを変更するだけで毒性、ADME情報を積極的に利用した毒性パスウエイや、自分が参加したカンファレンスＣＤのPDF文献を分析することが即実行可能です。
　図は、去年のAACR(米国癌研究会議)のカンファレンスＣＤからEGFRを中心に特定機能のみをターゲットで展開した例です。
　自然言語解釈では辞書が重要です。パスウエイ解析ソフトの基本辞書のほか、LSKBに搭載している辞書など、辞書オプションを切り替えることで、展開される情報も変化してきますので、いろいろな角度から調整することができます。

受託解析でプロの解析テクニックを提供
　株式会社ワールドフュージョンでは、この「辞書のカスタマイズ」や「頭の中で作りたいパスウエイのざっくりとしたものはある」という研究者に対して、パスウエイを作成するサービスを開始しました。
このようなケミカルゲノミクスはマイクロアレイ解析などで標的とされたタンパクの周辺ネットワークを固めるだけでなく、それらのタンパクから活性のありそうなリガンドまでの一連の探索の可能性に、今後大きな期待を持てることと思います。

代表取締役　川原弘三