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遺伝子と疾患、化合物との関連性を検索表示、化合物構造から文献情報、化合物とタンパク質や疾患などの情報へ展開を可能に CLCBio　次世代シーケンサーデータ解析 コピー数解析の決定版 ドッキング、タンパク質モデリング、活性予測ツールいろいろ クラボウと共同開発した生活習慣病研究用アレイ

  • 2012/3/1　化合物のオフ・ターゲットの活性を予測

    株式会社ワールドフュージョンでは、化合物のオフ・ターゲットの活性を予測するPredictFXの販売を開始する。

    　PredictFXは、スペインの公的研究機関IMIMで開発され、現在はChemotargets社が承継している活性予測ソフトウエアだ。 米CERTARA社が販売権を得て、CERTARAグループで販売活動をおこなう。

    　PredictFXは、ChEMBLやBindingDBを代表とする、公共アッセイデータベースや相互作用データベースと、 自社でキュレーションした活性情報をもとに学習した、100万相互作用の活性情報と、その予測アルゴリズムを搭載し、 化合物とタンパク質の活性をシミュレーションするものだ。 なお、この100万の相互作用には機能分類された約5000のたんぱく質の情報を持っている。

    　利用方法は簡単で、化合物構造を投げると、学習セットに基づき、活性予測値を返してくれるので、 任意の化合物からの活性を予測できるために、創薬研究を行うメディシナルケミストやライブラリーを 管理する研究者に日常的に利用してもらうのが目的だ。

    　もうひとつの使い方に、もともと設計した、標的間相互作用以外で作用してしまうことによって生じる、 副作用の予測や適応症拡大などの推測でも利用できる。 つまり、オフ・ターゲットの予測である。

    　また、内部の計算エンジンで、学習セットそのものも構築する機能があり、活性情報の入った化合物情報を用いることで、 新たな予測セットを構築することも可能だ。この機能を利用して、新たな公共データベースセットや、 自社データを基準とした構築した学習セットをもとに、活性予測も可能だ。 しかし、PredictFXはユーザーインターフェースを持っていないので、コマンドで利用するか、何かしらのインテグレーションが必要だ。

    　当社は、PredictFXをCERTARAグループ下のTripos代理店としての販売を始めるとともに、 すでに6000万化合物とChEMBLやBioAssayを管理、データマイニングできるLSKBとインテグレーションを開始する。

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