2011/1/7　2011年のバイオ・ケモインフォマティックスに向けて

　バイオインフォマティックスは、かつてゲノム時代を思わせるように次世代シーケン サがトレンド化している。しかし、かつての時代のようにソフトウエアはいつまでも ベータ版を使い続ける環境にあることは確かだ。 しかし、今回はどのソフトウエアを見てもベータ版のようでありながら、精度がよい ことは確かである。

　このようなツールを「使いこなす」ということが重要な課題であろう。NCBIをはじめ とする公共データベースも充実している。次世代シーケンサは公共データベース以上 の情報を吐き出してしまうことも事実であるが、多面的なアノテーションは機能解析 の上で最重要なナリッジでもある。

　当社はシーケンスの２次解析から機能解析までのシステムを準備し、受託解析もしく はその解析システムの販売を行う傍ら、2011年は、バイオインフォマティックス技術 者の裾野を広げるためのセミナーやワークショップなど、積極的に活動を行う予定で ある。

　2010年、ケモインフォマティックスはナリッジと検索システムを統合し、SBDDやLBDD を行う際に参照できるデータベースシステムを充実させた。PDB複合体リガンドとペ プチド性リガンド、公共化合物構造データを整理一元化し、関連遺伝子、疾患、薬理 作用、結合タンパク質を簡単に検索、もしくは機能から化合物を逆引き出来る。特に 構造単位でまとめた化合物データは、構造検索時にノイズデータがトップヒットに なってしまう問題を容易に解決でき、その属性として、一般的な公共化合物と治療 薬、論文検索が可能な化合物、バイオアッセイでの活性の有無などがわかるようにした。

　このようにすることで、タンパク質、遺伝子、疾患などのバイオロジー分野の情報か らも化合物や薬理作用が検索出来、また構造からも結合タンパク質や遺伝子、ドメイ ンなどのバイオロジー分野の情報をアノテーションとして得ることが出来、ケミカル ゲノミクス双方向でシームレスな情報探索ができる。

　当社は本システムをはLSKBとして開発した。2011年はこのLSKBナリッジシステムをバ イオインフォマティックスでは、次世代シーケンサ、臨床などに応用できるように し、ケモインフォマティックスではさらなる化合物の収集と骨格を基準とした分類や ワークフローツールへの対応などへ向け、大きく発展させる予定である。

2010/4/14　LSKBナリッジシステム

　ワールドフュージョンは長年に渡り、主にバイオインフォマティクス専門の会社として技術開発を行ってきました。 現在はバイオロジカルな研究目的だけではなく、薬物標的タンパク質の探索やリガンド探索のためのケミカルゲノミクス分野で 利用可能な製品の開発に注力しています。

　特に化合物情報と遺伝子や疾患などと結びつける情報ソースは自分で構築しない限り難しいものとなっています。
　最新のLSKBは多くのナリッジを使い、Drug Discovery分野で、標的タンパク質、標的リガンドの探索を提供するシステムと なっています。

　数多くあるデータベースでも、タンパク質の機能と化合物の構造を同時に取り扱えるものは大変少ないのが現状です。 弊社ではこのような重要な機能をLSKB Database、Bio KnowledgeとChem Knowledgeという形で実現しました。 (…続く)