生活習慣病に特化したパスウェイや機能アノテーションつきのDNAマイクロアレイ（GeneSQUARE）をワールドフュージョンとクラボウで共同開発しました。 　生活習慣病に特化した約300遺伝子を選別し、21の機能グループに分類し、遺伝子ネットワークをアノテーションに加えて一目で解析できるようなチップとデータベースがペアになった商品です。別売のPathwayStudioを利用することで機能推測やGeneSQUAREで有意に発現現象が判定された遺伝子からの拡張ネットワーク解析や公共の発現データベースなどと比較した解析が容易に実現できます。

DNAマイクロアレイの特徴

生活習慣病解析のスクリーニングとして利用できます。
　機能やパスウェイが判明しているキーとなる遺伝子を集めています。パスウェイに反映させることで効率の良い解析が可能です。

●　特徴1：アレイブロック間の再現性が高く効率の良い計測ができます
12検体までの同時ハイブリが可能なため、 アレイブロック間の再現性は非常に高く、従来のDNAマイクロアレイと比較して、大幅な解析システムのコンパクト化と解析時間の短縮が出来ます。

●　特徴2：生活習慣病解析のスクリーニングとして利用できます
機能やパスウェイが判明しているキーとなる遺伝子を集めています。パスウェイに反映させることで効率の良い解析が可能です。

●　特徴3：RT-PCRの代用として利用できます
RT-PCRを行うには数が多すぎる、しかし全ゲノムマイクロアレイを使うには高価だし、遺伝子を絞れない、またデータ解析が煩雑であるという問題点を解決しました。 特に、RT-PCRとの相関が高いという特徴を持っています。

●　特徴4：大量サンプルのスクリーニングに最適です
一度に12検体までの測定が出来ます。生活習慣病のキー遺伝子という制限はありますが、著名な遺伝子の大きな動きはパスウェイ情報と同期して計測できる仕組みになっています。

インフォマティックスの特徴

●　特徴1：充実したアノテーション
遺伝子機能リスト、搭載遺伝子の関連に基づいたパスウェイ図が特徴です。
文献情報に基づいて機能別に整理されたパスウェイを、標準アノテーションとして利用できます。

●　特徴2：機能が十分に知られているキー遺伝子を採用
遺伝子ネットワークを十分に考慮し、肥満・糖尿病・脂質代謝に関連する遺伝子で、かつ報告の多い遺伝子をチップに採用しています。
基本的な解析に最適で、着目領域からさらなるネットワーク展開で次のターゲットにも展開しやすい遺伝子を選んでいます。

●　特徴3：採用した遺伝子群は以下の２１の機能に整理でき、パスウェイ上で遺伝子の大雑把な機能がわかりやすい仕組みを作りました

さらに、Pathway Studioを使うと

　発現値などで絞り込まれたターゲット遺伝子は付属するパスウェイマップ上でその位置と機能を確認することが可能です。 しかしハイスループットの実験では静止画面上でサンプル間比較またはタイムコースでの推移を閲覧するには不便です。
　PathwayStudioはこれら実験データの解析をスムーズに行うことを可能にするばかりではなく、キーとなる遺伝子の追加情報（アノテーション、論文など）や、 遺伝子グループの機能、上流/下流制御因子の探索などに幅を広げていくのに最適なソフトとなっています。 GeneSQUARE^®オリジナルのパスウェイマップ上で実験データの検証を行い、さらなるバイオマーカー等の探索や次の実験計画の企画に効果的です。

●　特徴1：実験データをリアルタイムにパスウェイ上に重ねがきでき、傾向が一目で解釈できます
実験データを簡単に重ねることができ、パスウェイで全体の傾向、実験条件やタイムコース変化などが一目瞭然で解釈できます。

●　特徴2：ズームアップや遺伝子のレイアウト変更ができます。

●　特徴3：ターゲットとなった遺伝子を中心にGeneSQUAREの搭載遺伝子範囲を超えて機能探索が出来ます。
この例は、STZ誘導I型糖尿病モデルマウスのAngiotensinogen induction regulatorを拡張解析した例です。赤色のUp-regulateしている遺伝子がGeneSQUAREに搭載している遺伝子で、グレーがその周辺の遺伝子です。 AGTを中心に制御因子とターゲット因子を展開しました。重要な制御因子を優先的に選択してチップに搭載していますが、拡張することで、それ以外のアンジオテンシンの制御系が展開できます。

●　特徴4：また、インスリンをくわえると、これらのキー遺伝子はダウンレギュレートされ、血圧を挙げる要素であるAGTも制御されていることがわかります。

●　特徴5：GeneSQURE基本パスウェイを拡張し、文献上から収集した表現型や機能の分類ができます。
では、それぞれの遺伝子機能はＧＯなどで報告されていますが、そのほかにどのような疾患や症状に関係するかを見た例です。 インスリンを加え半分以上ダウンレギュレートした遺伝子に着目しました。一目瞭然で関連するフェノタイプがわかります。

●　特徴6：GEOなどの公共発現データベースや今までに所有している全ゲノムＤＮＡマイクロアレイのデータもGeneSQUAREパスウェイ上にマップし比較することが容易です。