PathwayStudioのアルゴリズムを説明した文献で、主要なものは以下の2つです。

MedScan：
Extracting human protein interactions from MEDLINE using a full-sentence parser. Bioinformatics 2004, v.20(5):604-11　

パスウェイ作成：
Automatic pathway building in biological association networks. BMC Bioinformatics 2006, 7:171

PathwayStudioを使った解析例、機能に使われている解析ツールなどを説明した文献は、以下のウェブサイトから参照できます。
http://www.ariadnegenomics.com/technology-research/publications/#publications_by_ariadne_authors

解析アルゴリズムの参考文献
Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2005, 102:15545