Genowiz は、マイクロアレイ結果の解析および表示に優れたデスクトップ型発現解析ソフトです。 多様なデータフォーマットに対応、インポートすることが可能です。フィルタリング機能で、データをより解析しやすい形にまとめ、ノーマライズ機能や、ソート機能さらには様々な階層、非階層のクラスタリングアルゴリズムによる解析が可能です。
また、あらかじめ用意したデータをもとに、オントロジー情報や、パスウェイなどの表示もおこなえます。
Genowiz 表示画面
- データをグラフィックに表示
- 色彩範囲の変更
- ひとつひとつのプローブデータ (プローブ情報、オントロジー情報、中間値グラフなど) を表示
- 発現値、中間値などでのソート
- “Pattern Simulation” によるソート機能
データインポート
- GenePix、ScanArray、QuantArray、Incyte、Agilent、Affymetrix (Mas 4.0、Mas 5.0、Res)、RMA などのフォーマットを自動的に認識しインポート可能
- ユーザー独自のフォーマットの作成可能 (“Customized uploader”)
- データはタブ区切りされたテキスト形式にする必要があります。
実験情報の記録
- 実験詳細(各パラメーター、プロトコル、メモなど)の記載
データ変換
- 発現値の平均、中間値などをもとに、Gene 単位 あるいは Sample 単位でデータ補正可能
- Z-変換、Log 変換
ノーマライズ
- 生データ、R/G ratio、R/G ratio Log 値に対して実行
- 任意の遺伝子を基準とした補正機能
- Single-Channel、Double-Channel、dye-swap、Affymetrix data に対して実行可能
フィルタリング
- 重複した Gene の修正や、欠測値の除去
- 標準偏差、平均値を基準 (ユーザー設定可)
- ANOVA 検定、t-検定、J5 検定
解析
- 各クラスタリング結果は、グラフィックに表示可能
- クラスタデータはエクセル形式でエクスポート可能
- 非階層型クラスタリング K-means / Forgy's / SOM (Self Organizing Maps)
- 階層型クラスタリング Average linkage / Single linkage / Complete linkage
- クラスタリングの結果を4つまで ベン図にて表示可能
- 主成分分析結果の表示
オントロジー
- アノテーションデータベースから、遺伝子を molecular function, biological process,
cellular components に基づいて分類 (あらかじめデータのインポートが必要)
パスウェイ解析
- 代謝経路データを、KEGG のデータ-ベースからダウンロードすることで、遺伝子と経路を関連付けて表示
- パスウェイマップの編集機能
- アカデミックユーザは KEGG の Web から、その他のユーザは、内部での使用に限り、KEGG の FTP サーバから、パスウェイ情報を得ることができます。
| OS
|
Windows 2000/XP Macintosh OSX 10.3以上 |
| HDD |
300MB 以上 |
| メモリ |
1GB (推奨) |
| Display |
1024x768以上 |