Genowiz は、マイクロアレイ結果の解析および表示に優れたデスクトップ型発現解析ソフトです。 多様なデータフォーマットに対応、インポートすることが可能です。フィルタリング機能で、データをより解析しやすい形にまとめ、ノーマライズ機能や、ソート機能さらには様々な階層、非階層のクラスタリングアルゴリズムによる解析が可能です。
また、あらかじめ用意したデータをもとに、オントロジー情報や、パスウェイなどの表示もおこなえます。

Genowiz 表示画面

データインポート

  • GenePix、ScanArray、QuantArray、Incyte、Agilent、Affymetrix (Mas 4.0、Mas 5.0、Res)、RMA などのフォーマットを自動的に認識しインポート可能
  • ユーザー独自のフォーマットの作成可能 (“Customized uploader”)
  • データはタブ区切りされたテキスト形式にする必要があります。

実験情報の記録

  • 実験詳細(各パラメーター、プロトコル、メモなど)の記載

データ変換

  • 発現値の平均、中間値などをもとに、Gene 単位 あるいは Sample 単位でデータ補正可能
  • Z-変換、Log 変換

ノーマライズ

  • 生データ、R/G ratio、R/G ratio Log 値に対して実行
  • 任意の遺伝子を基準とした補正機能
  • Single-Channel、Double-Channel、dye-swap、Affymetrix data に対して実行可能

フィルタリング

解析

オントロジー

  • アノテーションデータベースから、遺伝子を molecular function, biological process, cellular components に基づいて分類 (あらかじめデータのインポートが必要)

パスウェイ解析

  • 代謝経路データを、KEGG のデータ-ベースからダウンロードすることで、遺伝子と経路を関連付けて表示
  • パスウェイマップの編集機能
  • アカデミックユーザは KEGG の Web から、その他のユーザは、内部での使用に限り、KEGG の FTP サーバから、パスウェイ情報を得ることができます。

OS Windows 2000/XP
Macintosh OSX 10.3以上
HDD 300MB 以上
メモリ 1GB (推奨)
Display 1024x768以上