文献解釈からネットワーク・パスウェイ表示まで

遺伝子と疾患、化合物との関連性を検索表示することができます。

微生物ゲノムに特化したアノテーションビューワー

株式会社ワールドフュージョンではヒト・マウス・ラット用に開発し導入実績の多いゲノムビュアーに、微生物版が誕生しました。
公共データベースから取得した微生物ゲノム情報の表示およびそのアノテーションの管理を行えるほか、独自にアセンブルしたゲノム情報をデータベースとして構築できます。

微生物ゲノム情報に特化したビューワー

ヒト、マウス、ラットとともに任意の微生物ゲノムデータベースを選択して利用することが可能です。 また、微生物に特化した研究者向けに、情報量の多いヒト、マウス、ラットデータベースを含まずに微生物ゲノムデータだけで利用できるよう設計しました。
選択された公共微生物情報、ゲノムシーケンスやアセンブル情報（Phrap結果）などを入れ、独自のゲノムデータベースとして利用できます。
GenomeViewer微生物エディションでは以下のデータ登録が可能です。

・任意の微生物ゲノムデータ
・シーケンスで求めたゲノム配列
・アッセンブル情報　（オプション）

ゲノムシーケンス決定ツールとして利用

既知ゲノム情報を利用せず、未知の微生物ゲノムをシーケンスで決定する場合、ゲノムシーケンスで求めたContig間を”N”でつないだ仮想的なゲノムをビュアー上に表示することが可能です。
既知ゲノムに新しくシーケンスして作成されたContigを貼り付けた例が以下の図です。GAPの位置にも既知ゲノムのアノテーションが表示されています。
各ContigのORF検索、その遺伝子の探索およびそれら情報をそれぞれのContig上へアノテーションとしてマッピングすることも可能です。（オプション）

アノテーション詳細表示機能

ビュアー上に表示できる情報は、アノテーション選択画面より”Full”,　”Dense”,　”Hide”で切り替え可能です。さらにアノテーションごとに表示色を変更することも可能です。

ゲノムデータのバージョンやアッセンブル履歴管理機能

ゲノムビュアーは複数のゲノムデータベースをバージョンごとに保持することができます。この機能を利用し、アセンブル経過（ゲノムシーケンス決定の経過）情報を管理することができます。 最初にアセンブルした情報、その後シーケンスを追加した結果など、前のバージョンを保持しながらデータ管理も同時におこなえます。

様々な情報へのリンク機能

ゲノムビュアーに登録している情報は外部のサーバーやデータベースにリンクできますので、さまざまな商用アノテーションデータベース、公共データベースや、自分独自のアノテーション、シーケンス配列などにリンクし、表示することができます。

それぞれの遺伝子アノテーションは、さまざまな情報データベースにリンクすることが可能です。
Entrezなどの公共ゲノムデータベースへのリンク、当社が行っている、遺伝子やタンパク情報をカタログ化したデータベースの検索サービスであるLSKB（有償オプション）、その他、微生物エディションでは、コンティグの情報として、配列やクオリティーの情報の表示（オプション）、独自に構成した遺伝子やコンティグなどのアノテーションデータベース(In-house Annotation)などにリンクできます。

オプション

ゲノムデータベースとして、一括で公共データベースからダウンロードできる情報以外の取り込みはすべてオプションとなります。

オルソログ遺伝子情報、Phrap結果からのアセンブル情報の取り込み、ORFの検索、その遺伝子の検索とそのマッピング、配列情報とリンクするための、配列データベースの構築、ＬＳＫＢへのリンクで発生するＬＳＫＢの使用料などがそれにあたります。 （アセンブル情報の取り込みに関しては、データをお預かりしてデータベースを構築してお返しする方法になります。）

ゲノムビュアーの動作環境

ＧｅｎｏｍｅＶｉｅｗｅｒはサーバークライアント形式です。

５名程度の利用ですと、メモリー２Ｇ・ハードディスク５００Ｇの環境のＰＣをサーバーにして利用します。 今回、微生物エディションとして、メモリー１Ｇ、ハードディスク１６０Ｇ程度の一般的なＰＣで動作し、アノテーションと同時に、ゲノム配列を決定する目的の方に、アセンブル情報なども閲覧できるシステムを開発いたしました。 ゲノムビュアーの詳細カタログは、当社ホームページより請求ください。