LSKB Basic/Chemical Extension
遺伝子と疾患、化合物との関連性を検索表示、化合物構造から文献情報、化合物とタンパク質や疾患などの情報へ展開を可能に 文献解釈からネットワーク・パスウェイ表示まで コピー数解析の決定版 ドッキング、タンパク質モデリング、活性予測ツールいろいろ クラボウと共同開発した生活習慣病研究用アレイ

遺伝子発現実験データ解析からゲノムワイドアソシエーションスタディまで幅広い受託解析の実績を持つワールドフュージョンの受託解析です。目的に合わせてコンサルティングを行いながら解析を行います。バイオマーカーやターゲット因子特定などさまざまなケースの経験をもっておりますのでお気軽にご相談ください。
インフォマティクスを専門とする会社だからこそ可能なサービスです。

脂質代謝チップサービス

TotalRNAからマイクロアレイ実験解析、およびその発現値を弊社オリジナルのパスウェイデータに載せ、解析結果をお返しします。
Affymetrix Gene Chip; アジレント社アレイ; Human, Mouse Rat のいずれかで解析

ビューワーおよび解析ソフトを御自分で操作される方は別途下記初期費用が必要となります。(詳細は後述内容参照)

詳細はこちらをご覧下さい。

マイクロアレイデータ解析（アノテーションサービス）

DNAマイクロアレイデータの解釈にはさまざまな方法があります。当社の解析サービスでは、お客様にヒアリングを行いながら解析を行っていきます。 どのようなマイクロアレイデータにも対応できますので、チップメーカーを問わず、ご相談ください。
当社の解析では、プローブのアノテーションから始まり、比較解析、クラスター解析、ナリッジを効率的に利用したパスウエイ解析、生物統計を利用した手法を組み合わせして、有意遺伝子の絞込みや、疾患やフェノタイプなどの情報とのアソシエーション解析までの準備を行っています。
特徴的なのは、ナリッジデータを利用した解析で、特にパスウエイ解析に関しましてはPathway Studio Enterpriseを利用し、全MEDLINEと61のフルテキストジャーナルから作った相互作用データベースや公共パスウエイデータベースを利用して解析し、また統計的手法で客観的な分析を行い、新規発見を誘導するパスウエイを作成します。　目的にあった情報のみをキュレートしたパスウエイ解析ができることが最大の特徴です。
このPathway Studio を利用して解析した論文は３００を超えており、実績の面でも論文のSubmissionが行いやすい商品であり、データベースです。

解析内容例
  • 遺伝子、プローブの最新アノテーション
    遺伝子やタンパク質のアノテーションは、公共データベースをキュレートしたアノテーションのほか、Gene Ontology, Disease Ontology, Chemical Ontologyといったデータを提供できますので、有意遺伝子の機能分析には重要なファクターです。
    このようなアノテーション以外にUniGeneの組織別発現データベースを始め、さまざまなアノテーションを搭載したLSKBが利用できます。
  • Gene Ontology分析
    GO分析は、遺伝子やタンパク質のアノテーションの一部で、遺伝子機能を分類する上で重要です。マイクロアレイ解析で有意なタンパク質のGO分布を分析します。
    発現変動が大きかった遺伝子群をUp Regulate, Down Regulateに分類してランク付けした例。
    GOはさまざまなスタイルの分析が可能。
  • Disease Ontology, Chemical Ontology分析
    文献をベースに独自に作成したオントロジーを利用して、遺伝子を疾患や化合物、治療薬で分類します。
  • オルソログ情報の利用
    パスウエイやナリッジでは、動物ではヒト、マウス、ラットが、植物では、アラビド、イネの論文が多く報告されています。したがって、これら以外の種は遺伝子を変換することによって、近隣種でのオントロジーやパスウエイ解析が可能となります。
    したがって当社では、多くの種でパスウエイやナリッジ解析ができますのでお問い合わせください。
  • 前処理と発現変動を利用した比較、クラスター解析
    クオリティーの低いデータや繰り返し実験データの最適化を行った後に、発現変動を利用した一般的な解析やk-meanなどで代表されるクラスター解析を実施します。
解析可能なアレイ種類

対象アレイ：アフィメトリクス社、アジレント社、イルミナ社、フィルジェン社、NimbleGenアレイ、東レチップなどメーカーは問いません。
対象生物種： 全ての生物種を対象とします

発現実験

弊社は各発現実験を請負うサービスプロバイダーと締結しております。 組織、細胞、TotalRNAからの実験受託から解析まで取りまとめてお受けすることも可能です。詳細はお問い合わせください。

パスウエイ解析・作成サービス

研究目的に特化したパスウエイを作成するサービスです。

  • パスウエイ解析
    年間に３回アップデートされる最新データベースを利用してパスウエイ解析を行います。パスウエイ解析は、変動遺伝子や着目遺伝子を中心とした展開を行うほか、代謝経路やシグナル経路のカノニカルパスウエイやGSEA解析を行った後、お客様に協力をいただきパスウエイのキュレートを行いながら実験目的に特化したパスウエイを構築していきます。
    構築したパスウエイは、htmlやPathway Studioデスクトップ版にインストールしてお返しします。
  • GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)解析
    マイクロアレイ解析では客観的解析手法として現在評価されている手法で、当社の解析サービスでもっとも特徴的な解析です。
    発現変動比での解析は、大きく変動している遺伝子のみに着目してしまいますので、中変動で重要な遺伝子群を見逃してしまいます。
    このGESAでは、遺伝子をGOやパスウエイグループもしくは、100万を越すリレーションの中から制御因子（遺伝子のみならず、化合物や疾患、Cell Processといった範囲）のSub Networkグループを動的に作成し、これらのグループに有意に展開した遺伝子を探すことで、中変動でも重要な因子を取り出すことができます。
    Subramanian et al. (2005) PNAS 102, 15545-15550.
  • 植物パスウエイの対応
    パスウエイ解析に利用しているPathway Studio Enterprise Ver6で、植物パスウエイの精度が上がり、Arabidopsisのシグナルパスウエイも対応しました。さらにはさまざまな公共研究機関で分類しているGOをインポートでき、植物パスウエイを利用したGSEA解析も可能となりました。
  • 目的に応じたカノニカルパスウエイの作成サービス
    疾患別パスウエイ、機能別パスウエイ、シグナルパスウエイ、代謝パスウエイ、毒性パスウエイなど、公共データベースとPathway Studio Enterprise上の相互作用データベースを利用して目的に応じたパスウエイやオーバービューなどをキュレートして作成するサービスです。
    このようにして作成したパスウエイデータベースの例として、脂質代謝パスウエイデータベースがあります。

マイクロアレイデータ機能別解析

マイクロアレイデータ解析で実験したデータを利用し、脂質代謝/肥満・糖尿病に特化した解析を行うサービスです。通常のGO分析や比較解析のアノテーションに加え、それぞれの機能に合わせてキュレートされたパスウエイデータに、発現実験データを反映させ制御経路をより明白にした解析です。通常のパスウエイ解析のオプションとしてご検討ください。

解析内容例
  • 脂質代謝解析
    -7000の選別された遺伝子
    -33の脂質代謝に関連するパスウエイ情報
  • 解析可能なアレイ種類
    対象アレイ：　アフィメトリクス社、アジレント社、イルミナ社、他
    対象生物種：　ヒト、マウス、ラット
  • 発現実験
    弊社は各発現実験を請負うサービスプロバイダーと締結しております。
    組織、細胞、TotalRNAからの実験受託から解析まで取りまとめてお受けすることも可能です。詳細はお問い合わせください。

ジェノタイピング解析

タイピングデータの統計処理で、候補遺伝子や領域のディスカバリー、アソシエーションスタディの受託を行うサービスです。チップの種類および解析内容により価格は変わります。弊社は特に臨床分野において多数の実績を持っています。

SNP解析、ゲノムワイドアソシエーションスタディなど
発現解析でも紹介した、統計解析手法と各種補正方法などを利用して、データの解析を進めていきます。
当社で取り扱いのできるデータは、2000人以上のStudyを行ったSNP チップのデータを取り扱いできます。

  • タイピングデータスクリーニング（前処理）
    HardyWeinberg平衡検定でタイピングエラー、サンプル選定エラーの前処理を行います。
  • Case Control Study
    有意SNP、候補遺伝子のDiscoveryを行い、疾患等のPhenotypeの解析実施します。
    Allele Type、GenoTypeにおける検定をΧ二乗検定、尤度比検定、Odds比を利用して実施します。
  • Case Control Studyでの検定結果の補正
    AlleleType、GenoType両方において、尤度検定、 Χ二乗検定結果のP値の閾値補正を行い、有意なSNPを絞り込みます。この手法には、以下の多重比較法を準備しています。
    Bonferroni、Holm(1979)、Simes(1986)の不等式、Hochberg(1988)。
  • LD 解析
    LD Table、LDブロック、TagSNPを求めて、遺伝的連鎖解析を行います。
    その後、Haplotype解析やDuplotype解析も準備しています。

生物学的統計

生物学的統計手法を用いた有意遺伝子の絞込み

SNPや発現データを利用しての各種検定や、SNPや発現データとデータに起因するアノテーション（WHO Gradeや生存時間、年齢、多因子疾患情報など）で多変量解析を利用したデータの評価が可能です。

発現解析とSNPデータ解析では検定方法が異なります。

  • 発現データ解析
    Wilcoxon test、Kruskal Wallis test、ANOVA、Peason test、Spearman test
    二群の等分散性の検定、K 群の等分散性の検定（バートレットの方法）
    Log rank test、Likely hood test、Wald test、など
  • SNPデータ解析
    χ2 test、Likely hood test、Trend test、Odd Ratio、Relative Risk
    を準備しています。
  • 多変量解析では発現データ解析もSNPデータ解析も
    判別分析、KSVM（カーネルサポートベクターマシン）、重回帰分析、ロジスティック回帰
  • 生存率解析では
    Cox - Mantel 検定、一般化 Wilcoxon 検定、Cox比例ハザードモデル
    を準備しています。

その他解析

  • CGH解析
  • ChIPアレイ解析
  • メチレーション解析
  • miRNA解析、など

詳細はお問い合わせください

ケミカル・ゲノミクス解析

分子設計で定評のあるTripos社の製品を用いてケミカルとゲノミクス両者の技術を持つスタッフが解析のお手伝いをいたします。

解析内容例
  • Protein Modeling
    立体構造既知のタンパク質を元に、Mutantによる構造変化を予測します。実験結果と照らし合わせて、構造変化による機能との関係の理解をサポートします。
  • Docking
    立体構造既知のタンパク質から活性サイトを予測し、ドッキングスタディを行い、ZINCのDBを対象に低分子化合物を探索します。
  • QSAR
    化合物の構造とその活性値から定量的な構造活性相関を解析します。データの精度、構造のバリエーション、データ数により解析手法を変更し検討します。

その他インフォマティクス解析

  • 次世代シーケンサー対応データ解析
  • 配列解析
  • その他

詳細はお問い合わせください

データマイニングサービス

  • 遺伝子やタンパク質のアノテーション作成
  • 化合物アノテーション作成
  • オルソログ遺伝子作成（homologeneに載っていない生物種でも配列ベースで作成）
  • 化合物構造から関連する文献を検索

詳細はこちらから問い合わせください