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近年、微生物 （細菌・真菌） の菌種を推定する方法として、分子レベルでの解析が行われるようになってきました。　現在NCBI をはじめとする公共のデータベースには、さまざまな種のゲノム情報が登録されています。　これら既知の遺伝子配列群と未知被検菌の遺伝子配列との間の相同性を検索することで、類似する配列の由来菌は被検菌と同一または近縁である、と推定することができるようになります。
-菌KIN- は、細菌や真菌の DNA 塩基配列レベルでの分類・同定のため開発されたデータベースアプリケーションです。　-菌KIN- は細菌・真菌のゲノム中、保存性が高く、かつ適度な進化速度を持つリボソーマルRNA　(rRNA) 遺伝子とその周辺領域の配列を収集した微生物データベースを持ちます。　被検菌由来の塩基配列と、既知微生物配列との間に見られる相同性から、菌種の推定、およびそれら配列群を使用してのマルチプルアライメント、系統樹の作製 （Bootstrap解析） までを行います。
-菌KIN- で提供するデータベース配列は、公共データベースから収集され、独自にフィルタリングをかけられた後、精度の高い情報のみを NCBI の Taxonomy に基づいて分類されています。　分類された配列情報は相同性検索結果などと整合性がとられており、いつでも参照することができます。　一度”科・属”の分類に絞り込んだグループを、さらに”ITS”配列データベース次の相同性検索用のデータベースに指定するといった、公共データベース上では不可能な検索を実現します。

相同性検索で菌種推定：

マルチプルアライメント解析と系統樹作成：

データセットの出力・保存：