LSKB Overview & Concept
LSKB Bio Knowlege
LSKB Chem Knowledge
LSKB Database
遺伝子と疾患、化合物との関連性を検索表示、化合物構造から文献情報、化合物とタンパク質や疾患などの情報へ展開を可能に 文献解釈からネットワーク・パスウェイ表示まで コピー数解析の決定版 ドッキング、タンパク質モデリング、活性予測ツールいろいろ クラボウと共同開発した生活習慣病研究用アレイ

PCで実現。簡単操作の遺伝子データ総合管理ソフト

「記録」は、研究の効率、成果をあげるために各種のデータやファイルを手軽に管理できるソフトです。
様々なフォーマットを扱うことが可能で、高速な検索機能に加え共有サーバ、BLASTサーバへの対応など拡張性を有していますので個人のデータ管理からグループワークまで幅広い利用が考えられます。

  • 自分の配列をゲノム上にマップしたい
  • マイクロアレイやチップの遺伝子管理をしたい
  • 遺伝子に独自のアノテーションを作成したい
  • 相同性検索用のデータベースを自由に作成したい
  • 大量の相同性検索を高速で行いたい
  • 手軽に利用できるデータ管理システムがいい
  • 公開用アノテーションデータベースを作成したい
  • あらゆる情報の管理がしたい

エンジニア不要の基本設定+自由度の高い拡張性。

  • 研究者の要望を基本機能に搭載
  • 遺伝子データの総合管理
  • アノテーション支援ツールを搭載
  • 遺伝子機能別のグループ化・データベース化
  • シームレスにBlastサーバーを利用できるインターフェースを搭載
  • PC上でプライベートデータベースへBlastサーチ
  • 最小構成Blastサーバーから、高速クラスターサーバーまで対応
  • ゲノムピューアーとの連携

繁雑なデータを整理。目的に合わせてグループ化

データの登録

共有サーバへ簡単に拡張できます。各PC上で管理する遺伝子データが大量になった場合、共有サーバに拡張することで大量なデータの取り扱いも快適に行えます。

  • ドラック&ドロップでデータインポート
  • 配列データは核酸、アミノ酸、機能別などに分類登録可能
  • GenBank,EMBL,FASTA,Excelの各フォーマット対応
  • シーケンステキストデータのFASTAフォーマット変換ツール付属
  • 過去の処理履歴を確認可能

アノテーション編集

アノテーション支援ツールを搭載。遺伝子のアノテーションを共有化。重要な遺伝子データにアノテーション情報を付けて保存・管理し、キーワード検索対象とします。

  • Featureのアノテーション編集・管理可能
  • アノテーションデータベースとしてキーワード検索による機能分類に有効利用
  • アノテーションの一括インポート機能
  • 拡張アノテーションはオプションのNote機能で追加可能

キーワード検索

全データから目的の機能を持つデータを一瞬で検索

  • Featureのアノテーション編集・管理可能
  • 登録データの全フィールドおよびFeature部分が検索対象、テキストマイニングに最適
  • 検索結果はClassificationグループとして登録・データの機能別分類に最適

データベース作成

検索結果をグループ化するだけ。 キーワード検索で得た結果を機能別にグループ化するだけで、遺伝子機能別のプライベートデータベースが簡単に構築できます。

  • 大量の配列データ内を自由なキーワード検索。その結果をグループ化
  • 新規に見つけた遺伝子やタンパクドメインを機能別データベースとして保存
  • まとまったデータをBlast用プライベートデータベースとして構築

データの保存、レポート

各種ファイルフォーマットに対応。他のアプリケーションとの連携も可能

  • GenBank,EMBL,FASTA形式でデータをエクスポート可能
  • 必要なアノテーション項目をCSV,Excel形式で出力、リスト作成へ利用可能
  • Vector NTlとデータの受け渡しがドラッグ&ドロップで行え、配列のさらなる詳細解析が可能

その他の機能

  • Primer3によるバッチでのプライマー設計

■記録−Blast

複数配列を一括でBlastサーチ。結果をそのまま「記録」に保存

Local Blast

クラスタリング機能(Blastサーバー用オプション)
配列を利用したクラスタリング機能
配列同士を比較して類似配列をグループ化する手法と、機能がわかっている配列データベースを参照して、クエリーのファミリーを見つける手法の2種類を提供

  • Local Blastでは、PC上に作成されている数万エントリーのプライベートデータベースへのBlastサーチを簡単に実現
  • 記録画像より複数の配列データを選択し、そのままBlastサーチ
  • クエリー配列と結果はそれぞれ連携され保存
  • 個々のクエリーにはBlastを行った結果履歴が付属

Server Blast

  • Blastサーバーを接続することによりさらに高速のBlastサーチが可能
  • 配列、ゲノム、プライベートデータに対しサーチ可能
  • Gene Bankのデータベース自動アップデート機能付属。最新のデータにBlastサーチを行うことが可能
  • Blast結果はすべて「記録」に登録、自動保存
  • Web画面にて検索状況の確認や全データの集計、さらには再検索も可能
  • オプションによるクラスタリング機能追加や、インターネット経由でBlastを行うQ Blast機能付き

■記録−Note

様々なデータおよびドキュメント情報を管理。
遺伝子、タンパク質、ESTの配列などのデータ管理に特化した機能付属。
あらゆる研究者、研究目的に手軽に利用していただけるデータ管理ツール

あらゆる情報を管理

「記kiroku録」は、実験プロトコル、実験結果、解析結果、画像、ドキュメント、リンク情報など研究分野において日常に生成、保存しているさまざまなデータを管理できるソフトウエアです。これにより、研究者個人が管理していた実験ノートの電子化も可能です。

自由にフィールド作成・とっても簡単

管理したい項目は研究者によって異なるのが現状です。これらの管理項目は自由に作成・編集できます。
データの管理は独自のリレーショナルデータベースを利用して管理いるので、本格的なプライベートデータベースが簡単に作成できます。しかしながら、実際には一般のアプリケーションソフトを使用する感覚で利用していただけます。
使い方はとっても簡単です。

遺伝子・タンパク質・その配列の情報管理に特化した機能

特に、遺伝子・タンパク質・ESTなどの配列データ管理に特化した機能が付属しています。
遺伝子アノテーション管理・編集、タンパク質情報管理管理・編集、相同性検索・集計・レポート機能などが付属しており、研究効率の大幅な向上が期待できます。遺伝子やクローン、ストレイン管理などに役立ちます。

特徴

  • 研究目的に合わせたデータの登録項目を自由に作成・編集
  • 蓄積されたデータの中から必要な条件で検索、集計
  • インターネットリンクやアプリケーションリンク可能
  • データの解析結果ファイルの添付
  • 画像・文書などのデータを自由に登録
  • データは用途に応じて再利用。公開などにスムーズに利用可能
  • Excelファイル形式からのデータ一括登録対応

発現データ管理オプション

  • 大量のアレイデータを画像と供にデータベース管理
  • さまざまなデータフォーマットに対応
  • 発現量によるデータソート機能

■記録−Data Share

大量のデータ管理や複数ユーザーでの利用にはData Shareサーバーを利用

データの共有化

遺伝子データが大量になった場合、また「記録」を複数のユーザーで利用したい場合など、遺伝子データ共有サーバーへ簡単に拡張できます。
また、公開用データベースサーバーにも拡張可能

ユーザー毎にデータ管理

ユーザー毎にログインが管理され、「記録」の画面には各ログインユーザーのデータのみが表示されます。
実際の作業は「記録」のデスクトップの画面上で行いますのでサーバーにアクセスしている感覚はありません。

画像や添付データ管理

データサイズの大きい画像ファイルや生データファイルを記録データに添付したい場合にも共有サーバーは有効です。
Webによる公開データベースへの拡張、記録−Data Shareに登録したデータをWebで公開できます。
検索や閲覧画面はカスタマイズにより作成します。

記録 仕様

記録
ハードウエアOSWindows98/NT4.0/2000/XP(Pentium V 500MHz以上のPC推奨)
メモリ128MB以上<, 1 GB recommended
ハードディスク
データ領域として2GB推奨<
Blastサーバー
ハードウエアOSLinux.AIX.Sun Solaris.Tru64のいずれか
CPU2-4CPU推奨
メモリ
1GB推奨
ハードディスク
データ領域として350GB以上
データベース
Oracle8i
Data Shareサーバー
ハードウエアOSWindows 2000 Server SP2
メモリ512MB推奨
ハードディスク
30GB以上
データベース
Microsoft SQL Server 2000