LSKB Chem Knowledgeは化合物データベースから紐付いたデータにさまざまな検索機能を組み合わせた機能をもち、 キーワード検索や構造検索から多くの機能情報を取得できるシステムです。
化合物構造からの情報展開は、ＳＤファイルやクリップボードにコピーされた構造から文献に記載のある化合物、 全PubChem、DrugBank、FDA、ZINC、PDBタンパク質データベースの中の複合体化合物、LSKB辞書に分類されたデータセットに対し、 構造類似性検索や完全一致検索などが出来ます。

主な機能

• Exact Match、Similarity Search（UNITY Fingerprint）、Substructure Search機能
• 検索時に、Rule of Five、分子量、mlogP、 Donor./Acceptorの指定した範囲でフィルタリングが可能
• 複数の構造を一度に検索が可能。
• 選択した化合物にスプレッドシート上の他の化合物とのSimilarity を計算させることが可能
• 結果のtxt形式でのExport機能
• 化合物リストからLSKBで関連タンパク質を見つけることが可能
• インハウスにある化合物をLSKBに登録し統合管理可能

化合物のアノテーション情報

• 化合物名、CAS ID、ZINC化合物、PubChem ID、FDA登録製品名、DrugBank基本情報、
• PubChem Substanceに登録されている名称
• MeSHに登録されている名称とキーワード
• BioAssayでテストされたターゲット遺伝子情報
• PDB複合体化合物
• DrugBankに登録している化合物名とその詳細、治療ターゲットの遺伝子、開発コード、標的タンパク質
• 化合物に関係する文献情報
• 化合物文献に共記されている遺伝子名、疾患名のランキング情報

Chem knowledgeを利用した機能探索

• 同様なアッセイで活性を持つ治療薬を含む化合物の探索
• 同じ標的タンパク質を持つ化合物の探索
• 同じ薬理活性（pharmacological action）をもつ化合物の探索
• 文献、バイオアッセイ、PDBリガンドを利用した標的タンパク質の探索
• 化合物クラスターが持つタンパク質のオントロジー分析
• バイオアッセイデータをもとにタンパク質毎の活性化合物の探索
• ＰＤＢデータをもとに結合リガンドの探索