ワールドフュージョンは長年に渡り、主にバイオインフォマティクス専門の会社として技術開発を行ってきました。 現在はバイオロジカルな研究目的だけではなく、薬物標的タンパク質の探索やリガンド探索のためのケミカルゲノミクス分野で 利用可能な製品の開発に注力しています。 特に化合物情報と遺伝子や疾患などと結びつける情報ソースは自分で構築しない限り難しいものとなっています。
最新のLSKBは多くのナリッジを使い、Drug Discovery分野で、標的タンパク質、標的リガンドの探索を提供するシステムと なっています。
数多くあるデータベースでも、タンパク質の機能と化合物の構造を同時に取り扱えるものは大変少ないのが現状です。 弊社ではこのような重要な機能をLSKB Database、Bio KnowledgeとChem Knowledgeという形で 実現しました。

目的に合わせて使い方を選べるBio KnowledgeとChem Knowledge

ゲノミクス研究や創薬研究の両面で利用できるLSKBは、Bio KnowledgeとChem Knowledgeに分かれています。

Bio Knowledgeは主に薬物標的タンパク質、一般的なバイオテクノロジー、DNAマイクロアレイ、 プロテオミクスなどを創薬の研究テーマとして行っている方々に利用しやすい情報がデータベース化されています。 特に、薬物標的タンパク質探索の為に、さまざまな角度から分析できる情報がまとめられています。

一方Chem Knowledgeは、化合物情報の探索機能を強化したシステムとなっています。 公共データベースに登録のある化合物を あらかじめ収集し、構造とキーワード辞書などを含め、4000万超の化合物情報を搭載し、それらの化合物の構造検索や キーワード検索を行う機能を有しています。この機能によって多くの化合物探索が構造やキーワードから行えるように なっています。

LSKBナリッジアノテーションとあわせて利用することで、薬物標的タンパク質の探索、標的タンパク質からのリガンド探索、 または既存医薬品化合物からのリガンド探索など利用できる範囲は幅広いものとなるでしょう。

システム運用や管理への負担を軽減し、高い費用対効果を実現

●　小型PCで動作、少人数ならサーバー構築を必要としない手軽さ
LSKBは4000万超にも及ぶ化合物構造とそのアノテーション、遺伝子、タンパク質辞書とそのアノテーション、 疾患辞書など２０以上のデータソースから作成したデータベースが含まれています。 さらにはそれらの辞書を利用し広範囲にPubMedを検索した結果や文献共記情報を収録した データもデータベース化され搭載されています。 それだけの情報量が含まれるにもかかわらず、LSKBは一般的なPC程度のサーバーで稼動可能となっています。
少人数での運用であれば、サーバー構築の為のＩＴ専門家は不要で、且つ、簡単にインハウスデータベース検索システムの 構築が可能となっています。

●　データベース構築にかかる費用を削減可能に
LSKBは年３回のアップデートを実施しています。　公共データベースの収集や精査とその管理、 さらには検索システムの自社内開発にかかる膨大な費用を大幅に削減します。 特に、手間のかかる化合物構造とアノテーションデータベースの構築には大変高い費用対効果が見込めます。

●　システムインテグレーションや自社内データベースとの連携
システムインテグレーションのために、Oracleで構築したデータベーススキーマーを公開解しています。 また、必要に応じたJava APIを準備、Webによるリンク動作などさまざまな環境を提供し研究機関での大幅な作業の 効率化を実現しました。
LSKB GateWayは自社内システムからイントラネット上のLSKBにリンクするさまざまな接続手法を提供しています。
また、既存のアノテーションデータベースに独自のアノテーションを追加や、インハウス化合物データベースの統合化などにも 対応可能で、一括管理し運用するなどのインテグレーションも対応しています。

●　インハウスシステムで高いセキュリティーを実現
検索に利用するキーワード、ID、構造検索はインハウスのデータベースに対し実行し、 また、インターネットにリンクされる情報はルールが決まっており、外部に情報が漏洩することはありません。 LSKBによりセキュリティーの高い検索システムを社内に構築することが可能となります。