文献解釈からネットワーク・パスウェイ表示まで

PathwayStudio7 & MedScanは、パスウェイ解析ツールで定評のあるAriadne Genomics社の文献解釈アルゴリズムと、 発現実験データなどからネットワークおよび分子相互作用を推定するシステムです。 現在デモツアーをおこなっています。お気軽にお問い合わせください。

PathwayStudio7とMedScanの組み合わせは、発現実験データや、 タンパク質、 分子間の相互作用をターゲットとされている方々にも質の高い情報を提供いたします。

PathwayStudio7では、プローブIDと発現数値データをインポートすると、自動的にプローブとマッチする分子を特定後、 発現実験データからそれぞれの分子間のネットワークを推定し、すでに文献中に存在する該当遺伝子と分子との関連情報を 同時に表示することができます。 また、タンパク質、分子間の相互作用の膨大な情報をすでにデータベースとして持っているので、 キーワードからの関連情報（制御因子や発現ターゲット遺伝子）の検索が容易に行えます。 さらには、手持ちの文献、まとまったドキュメント情報を文脈解釈し、分子相互作用を抽出してネットワーク解析を 行うこともできます。

デスクトップ版とサーバー版があり、デスクトップ版はWindows PCにインストールして使用します。 ご自身の解析データ保存や、データベースのカスタマイズを行うことが可能です。 サーバー版では、デスクトップ版と同じビューワーからの接続の他、WEBブラウザにて参照することもできます。 複数のユーザでデータをシェアすることができます。 疾患、化合物、組織などにご興味あるかたはさらに弊社LSKBとの連携で、 よりターゲットを絞った研究および検証を行うことが可能です。

文献検索のスピード化

MedScanは、Ariadne Genomics社の自然言語解釈アルゴリズムに基づき、PubMedやMEDLINEアブストラクト、 および手元にあるテキストドキュメントから生物学的インターアクションを自動的に高速抽出するシステムです。 タンパク質、セルプロセス、代謝産物、疾患等、それぞれの相互作用および制御機能を文脈から高速に抽出します。 PathwayStudio 7 デスクトップ版には、簡単にMecScanを行えるMedScan Readerというソフトが付属します。

ネットワーク・パスウェイ解析と仮説の検証

デスクトップ版、サーバー版共に、ユーザが検索・作成したパスウェイを細かく検証できます。 インターアクション情報の引用文献や制御関係の向き、組織でのフィルタリング等を行うことが可能です。

実験データの解釈

さらには、発現実験データやプロテオミクス情報の解析も、このパスウェイツールを利用して解析することが可能です。 発現実験データは様々なメーカー、種類のプローブIDと数値結果をインポートでき、そのなかから自動的に関連のある分子間、 さらには文献上で関連性を認められている分子情報を同時に参照することができます。 また、Gene Set Enrichment Analysisや、Sub-Network Enrichment Analysis を使い、 有意な変動遺伝子群を検索することが可能です。 （詳しくはPathwayStudio お客様サポートサイト　発現実験チュートリアルをご覧ください）

サーバー版機能拡張

ワールドフュージョンでは今回、ARIADNE GENOMICS社と共同でLSKB (Life Science Knowledge Bank)からの遺伝子、 疾患、化合物の関連性をマイニングした結果情報をMedScanにて文脈解析し、関連性を検証できるインターフェースを作成します。

サーバー版MedScanの特徴

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