SYBYL

Almond

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Almondは、まったく新しい概念に基づいて計算されるGRIND Descriptorを利用するQSARツールです。この記述子には、次のような特徴があります。

• 分子の相対座標や重ね合わせ状態に依存しない
• 分子周辺の状態（Field）を反映している
• 分子の生物活性値と関連する可能性の高い構築方法を用いている
• 高速計算可能でコンパクトに保存できる

このGRIND Descriptorは通常のQSAR計算だけでなく、Virtual Screeningやコンビナトリアルライブラリの構築・評価にも適用可能です。

分子の3次元形状に基づく特徴量（記述子）GRIND Descriptorを計算

• 入力した分子についてGRID Fieldを計算し、分子周辺の状態を算出
• Grid Field計算時に疎水（DRY)、酸素（O）、窒素(N1)などのプローブ原子を指定
• 分子周辺のFieldの特に相互作用の強い領域を検出し、距離と相互作用強度の関係を計算する
  M.Pastor, G.Cruciani, et al. “GRid-INdependent Descritors(GRIND): A Novel Class of Alignment-Independent Three-Dimentional Molecular Descriptors” J.Med.Chem. 2000, 43, 3233-3243

上図：Grid Fieldの計算例 （上からN1、DRY、O各プローブでの計算結果）
この状態から、各プローブとの『相互作用の強い点』を検出し、それらの点の間の距離と相互作用の関係を探る

下図：Almondでの解析例
（分子のプロフィール、回帰分析係数表示および分子上での『注目した』距離関係の表示）

複数の化合物についてのGRIND Descriptorを計算した様子

GRIND Descriptorを用いて計算したQSAR式の解析 活性値と関連するファーマコフォア距離がどこか、一目瞭然にわかります。
物性値・活性値と関連性の強い記述子は『どの部位に注目して算出されたものか』を画面上で確認できます。

AlmondパッケージにはQSAR/QSPR計算のための以下の機能も含まれています。

• PLS回帰でのモデリング
• 主成分分析（PCA）でのデータ分析
• 実験計画法(FFD)での記述子選択
• 結果解析・表示のためのグラフィック表示ツール

詳細につきましては、弊社 担当営業宛 技術資料をご請求ください