SYBYL

CScore

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Docking計算を行うと、多数の結果が得られます。これらの結果のどれを採用するかを考える際に、評価関数（Scoring Function）は指標として重要な役割を果たします。（評価関数が異なれば、当然エネルギー値も変わってきます。）CScoreを用いると、 P_Score・ D_Score・ G_Score・Chem_Scoreの４つの評価関数の各々を用いた計算が可能です。

1. P_Score - PMF
   I.Muegge and Y.C.Martin,
   J.Med.Chem., 42,791(1999)

2. D_Score - as published for the DOCK program
   I.D.Kuntz, J.M.Blaney, S.J.Oatley, R.Langridge, and T.E.Ferrin,I.D.Kuntz,
   J.Mol.Biol., 161,269(1982)

3. G_Score - as published for the GOLD program
   G.Jones, P.Willett, R.Glen, A.R.Leach and R.Taylor,
   J.Mol.Biol., 267,727(1997)

4. Chem_Score
   M.D.Eldredge, C.W.Murray, T.R.Auton, G.V.Paolini, and R.P.Mee,
   J. Comp.-Aided Molec. Des., 11 (1997) 425-445

さらに、蛋白質ポケット内のリガンド構造を relaxし、得られた構造に対して再度 CScore計算を行うことができます。リガンドの任意の回転可能角、及び蛋白質の側鎖の二面角を動かすことが可能です。