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DISCOtech

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QSAR手法の一種であるCoMFA 解析を行う際には、どのように同一の薬理活性を持つ化合物同士を重ね合わせるかが、重要なポイントとなります。また、重ね合わせ計算を利用して高活性化合物群の共通性、特に薬利活性団(ファーマコフォア)の共通性を知ることは、新規分子設計に役立ちます。しかし、一般に化合物の重ね合わせは、膨大な数のコンフォーメーションを扱うことになり、その解析には研究者の多大な労力を必要とします。

DISCOtechモジュールは複数の化合物の重ね合わせを自動的に行うプログラムで、その最大の特徴は、薬理作用団(ファーマコフォア)を考慮した重ね合わせを行う点にあります。

DISCOtechモジュールでは、まず同一の薬理活性を持つ化合物に対して、薬理作用団(ファーマコフォア)の候補となる部分構造を自動的に特定します。薬理作用団の候補として、データベース UNITYと同一の定義に基づいて、

  • 水素結合ドナー(Donor on Ligand)
  • 水素結合アクセプター(Acceptor on Ligand)
  • レセプター側の水素結合ドナー(Donor Sitepoint)
  • レセプター側の水素結合アクセプター(Acceptor Sitepoint)
  • 疎水性基(Hydrophobic)
  • 分子内の極性基(Positive N,Negative Center)

を検出します。薬理作用団候補が形作る三次元的な形状(グラフ)を変化させるように、回転可能な二面角を変化させたコンフォメーションを多数準備して計算に利用します。ファーマコフォアの空間的な共通性の検出(コンフォーマーの重ね合わせ)は、グラフ理論に基づいた Clique detection アルゴリズムによって行われます。

DISCOtech モジュールで得られる薬理作用団(ファーマコフォア)モデルをQSAR/CoMFA 解析の初期構造として用いることにより、より精度の高いQSAR モデルを得ることが可能になります。また、データベースソフトウェアであるUNITYと連携して、3次元検索を行なうことも可能です。

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