SYBYL

DiverseSolutions

Product information

High Throughput Screening(HTS)において、スクリーニング用の化合物ライブラリの設計は非常に重要です。費用対効率を考えると、多様性に富んだ、Diversityの高い化合物でライブラリを構築することが成功の鍵となります。DiverseSolutionsはテキサス大学のPearlman教授らによって開発されたソフトウェアで、独自のBCUT記述子を計算し、それらを利用してChemistry Spaceを定義して分子群のDiversityを評価します。

DiverseSolutionsを用いれば、数百万件の化合物を含むデータベースを高速に処理することができます。

Features

DiverseSolutionsには、Diversityの評価方法として、次の２つが用意されています。

1. Cell_based法

   • 記述子によって定義された Chemistry Space内に化合物を分布させ、Diversity評価を行います。Chemistry Spaceを cellに分割し、各 cellから化合物を取り出す事により、diversityの高いSubsetを作成します。又化合物を含まない空白の cell がどこにあるかを調べ、他のデータベースから空白 cellを埋めるような化合物を抽出する事も可能です。

   • Chemistry Space定義に適した記述子として BCUT が用意されています。BCUTを用いると、低次元でかつ活性値と高い相関のある空間を作成する事ができます。

2. Distance_based法

   • 化合物間の相対的な類似性を計算してdiversityを評価する方法です。記述子として、2D fingerprintを用います。DiverseSolutions 自身には 2D fingerprintを計算する機能がありませんので、外部（SYBYL、MDL、DayLight）で計算したものを読み込んで実行します。

<参考文献>

• J.Chem.Inf.Comput.Sci. 1999, 39,28-35 "Metric Validation and the Receptor-Relevant Subspace Concept" R.S.Pearlman and K.M.Smith