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GASP

Product information

GASPは、分子重ね合わせを実行するためのツールで、ユーザの与えた『高活性』分子群の重ね合わせパターンを計算します。

ね合わせに使用するファーマコフォアを自動認識し、またGA（遺伝的アルゴリズム）を使用して、重ね合わせの際の各分子のコンフォメーション・重ね合わせに使用するファーマコフォアの対応関係について、ほぼ完全に自動で計算させることが可能です。

GASPを利用する研究者は、分子の3次元構造を準備してGASPに入力するだけです。特定の分子をテンプレートとして指定したり、コンピュータに予備情報を与えるなどの操作も不要です。（テンプレート分子を明示的に指定して計算を実行することは可能です）

Features

• GA（遺伝的アルゴリズム）を使用して計算を実行します。
  • 遺伝的アルゴリズム(Genetic Algorithm:GA)=生物の進化を模倣した計算手法
    • 生物の進化→環境に適応できない生物の淘汰、突然変異による新種の発生 世代交代で、より環境に適応したものが残っていく

  • GASPでは、コンピュータ中に数字の0,1の並んだ遺伝子(に相当するもの)を複数（数十個〜百個）作成
    その０、１を解釈して重ね合わせパターンを組み立て、各々の良否を評価します．
    この計算を、アルゴリズムに従って数百〜数万回繰り返して行ない、遺伝子を進化させ、良い結果を与える０、１の組み合わせを探索します．
    
    

• 重ね合わせに用いる分子上のファーマコフォアは、自動で認識します．
  認識するファーマコフォアは、データベースUNITYと共通です．
• 重ね合わせの際の各分子のコンフォメーションは、GAで自動生成します
• 重ね合わせに使用するファーマコフォアの対応関係は、GAで自動生成します
• 重ね合わせ計算の結果は、QSAR(CoMFAモデル作成など)、他の手法での重ね合わせ計算への入力、データベース検索等に利用可能です