SYBYL

MOLCAD

Product information

MOLCADモジュールは、SYBYLのグラフィックス機能を強化するモジュールで、各種面表示機能、グラフィックス機能を持っています．また、SYBYL本体と連動するMOLCADplus(リアルタイム・面描画機能)もサポートされておりますので、SYBYL画面上での分子形状の観察からプレゼンテーション資料作成まで、幅広く応用することができます．

Features

分子表面描画機能

分子表面を表示するMOLCADの基本機能です。SYBYL6,9では、以下のような表面描画機能を提供しています。

• Electron Density Surface (Fast MS and Fast MS Channel)
• Connolly Surface (Connolly, Connolly Channel, Fast Connolly and Fast Connolly Channel)
• van der Waals Surface (van der Waals, van der Waals Channel)
• Lee & Richards Surface (Lee & Richards, Lee & Richards Channel)

また、以下のようなプロパティを計算して表示している表面にマッピングし、色分け表示・プロパティ値でのColor/Cuttingの変更を行うことができます．

• Lipophilic Potential
• Electrostatic Potential
• Poisson-Boltzmann-ESP
• Hydrogen Acceptor/Donor Density
• Electric Field Strength
• Cavity Depth 他

Fast Connolly表面の表示例とプロパティでの色分けの例

Fast Connolly Surfaceと計算したプロパティでのCut表示の例

Fast Connolly Channel表示機能で、蛋白分子のCavity部分を表示させた例（蛋白分子とLigandを別々のMolecule Areaに入れて計算させ、表示した）

蛋白分子・DNAのリボン表示機能

MOLCADには、Biopolymer関連の表示機能として独自のリボン表示機能があります。蛋白分子・DNAの表示機能を組み合わせると、以下のような表示が可能です。

Electrostatic Field表示機能

MOLCADのElectrostatic Field表示機能では、分子周辺のElectrostatic Fieldの様子を視覚化することができます．Cone表示・Line表示のいずれかの方法で分子の静電的な特徴を観察することができます。