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Topomer CoMFA

Product information

Topomer CoMFAは、Topomerテクノロジーを自動アラインメントに応用して、配座解析からCoMFA法までの一連の計算を全自動で行うモジュールです。主に、共通骨格をもつ一連の化合物群に対する“Lead Optimization”に適しており、分子設計研究者だけでなく、合成研究者も気軽に利用する事ができるCoMFAツールです。

また、Topomer Searchと組み合わせて御利用いただくことで、特徴の類似した置換基をデータベースから探索することが可能となります。

図 Topomer CoMFAの解析ワークフロー

Features

特徴

• 「分子中のどの部位を置換基として取り扱うか」を指定するだけで自動でCoMFAモデルが作成できます。
  • 計算対象の分子を骨格部分と置換基に分けて考えることで重ね合わせの自動化が実現されています。
  • 分子構造の重ね合わせにはTopomerアルゴリズムが利用されており、自動化されています。
• 従来のCoMFA法同様に、係数等高線図を表示することができ、活性を向上させるために置換基に必要とされる立体的・静電的特徴を観察することができます
• Topomer Searchと組み合わせることで、各置換位置に導入する新しい置換基の候補をデータベースから検索することが可能です。
  • データベース中の分子からのフラグメント抽出は自動で行われます。
  • 見つかったフラグメントについては、活性への寄与が自動的に予測されます。

Dopamine D4 receptor LigandsのTopomerCoMFAモデリング結果表示例

TopomerCoMFAモデリング結果を元にした置換基の検索結果表示
（Dopamine D4 receptor Ligands）
解析において、Hitしたフラグメントは自動的にアラインメントされ、寄与する活性が予測、数値として示される。

参考文献

• Cramer, R.D., Wendt, B. J.Comp.-Aided.Mol.Des. 2007,21, 23-32.
• R.D.Cramer Leadhopping and beyond. Expert Opin.Drug Discov. 2006,1(4), 1-12.
• R.D.Cramer Topomer CoMFA: A Design Methodology for Rapid Lead Optimization. J. Med. Chem. 2003,46, 374-388.
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• R.D.Cramer, R.D.Clark, D.E.Patterson, and A.M.Ferguson Bioisosterism as a Molecular Diversity Descriptor: Steric Fields of Single “Topomeric” Conformers. J. Med. Chem. 1996,39,3060-3069.
• D.E.Patterson, R.D.Cramer, A.M.Ferguson, R.D.Clark, L.E.Weinberger Neighborhood behavior: a useful concept for validation of molecular diversity descriptors. J. Med. Chem. 1996,39, 3049-60.