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Tuplets

Product information

Tupletは、ファーマコフォア間距離に注目した『分子の特徴抽出ツール』です。ファーマコフォア間距離をFingerprintに記録してその共通性を検出、活性化合物の特徴を見出したり、大量の化合物からHit化合物を検出する際のツールとして利用できます。

Features

Tupletsは、ファーマコフォアを利用した分子の特徴抽出ツールです。ファーマコフォア間距離の共通性を検出することで、活性化合物の特徴を見出したり、大量の化合物からHit化合物を検出する際のデータベース検索ツールとして利用できます。Tupletsでは、分子中のファーマコフォアの

• Pair（2点間距離）
• Triplet（3角形の各辺の距離）
• Quartet（4点・相互間距離）

を取り出してFingerprint(Tuplets Fingerprint)を作成します。

Tuplets Fingerpeint(Triplet)
計算方法の概要

ある分子の1つのコンフォメーションについてファーマコフォアの三角形を検出してそのサイズの三角形を記録するBitをセットすれば、「ある分子のあるコンフォメーションを」表すBit列が得られます

複数のコンフォメーションについて、ファーマコフォアの三角形を自動的に検出して、 そのサイズの三角形を記録するBitをセットし、当該分子のFingerprintを構築する

Tuplet Fingerprintには、ファーマコフォアの種類とそれらの間の距離情報（ファーマコフォア点を結んで作成される要素の大きさ）がビット列として格納されています。任意の活性化合物群についてTuplet Fingerprintを計算して解析すれば、活性化合物の持つファーマコフォア間距離の共通性を見出すことができると期待できます。解析結果は『入力した分子群に共通したファーマコフォア間距離情報を格納したFingerprint』となります。（これをHypothesisと呼びます。）

任意のデータベースに対して予め計算Tuplet Fingerprintを計算しておけば、データベースからの化合物選択に利用することもできます。「活性化合物群」から作成したHypothesisと、データベース中の各分子のTuplet Fingerprintを比較して類似性の高い分子を抽出すれば、任意の活性化合物に類似したファーマコフォア間距離を取り得る分子を迅速に見出すことが可能となります。

また、データベースのかわりにCombiChem Libraryに対して同様の計算を行うことで、ライブラリの品質評価指標を得ることも可能です。この場合、実験・合成の際のライブラリ優先順位付けの指標を得ることも可能です。