SYBYL

UNITY

Product information

UNITYは、SYBYLと組み合わせて利用するデータベースモジュールで、大量の化合物を含む化学データベースを有効に利用する為の様々な機能を提供します。分子モデリング及びコンビケム HTSの両分野を強力に支援します。データベース検索機能としては、2D searchや Similarity searchの他に 3DFlexible searchが用意されています。UNITY databaseだけでなく、ISIS Host経由で MDLのデータベースに対して検索をかけることもできます。ORACLE等の Relational databaseとのインターフェイスも用意されていますので、分子の構造情報と化学データを関連づけて管理することも可能です。

又蛋白質の立体構造から水素結合性や活性ポケットの形状を利用して、ポケットにうまくはまる可能性のある化合物をデータベースから検索する機能も用意されています。

Features

• Flexible Search
  • Databaseに登録されている化合物構造を変化させる事により、検索の可能性を広げる
• 水素結合の Donor/Acceptor自動認識機能
  • Receptor 側の Donor ---> Ligand 側の Acceptor
  • Receptor 側の Acceptor ---> Ligand 側の Donor
    
• Spatial Constraints
  • 検索条件の許容範囲を空間で表現
  • Sphere Cap Torus
    
• Partial Match constraints
  • 検索条件の一部のみ満たせば Hit として認められる
• Excluded Volume
  • 検索結果の構造の van der Waals体積が接触してはならない体積空間
• Included Volume
  • 検索結果の構造の van der Waals体積がその中に収まらなくてはならない体積空間
• Surface Constraints
  • 溶媒接触可能表面や体積表面を、そのまま constraintsとして利用可能