Benchware

Benchware^® 3D Exploer

カスタマイズ可能な『3次元分子表示』および『知識共有』ツール

Product information

Benchware 3D Explorerは、研究者どうしの情報共有ツールとして開発されたソフトウェアです。お手元のWindows PCで強力な分子表示機能がお使いいただけるようになります。特に、各種分子データ取り扱い機能を活用すれば、計算化学研究者が解析を行った結果を、実験を担当する研究者が閲覧する際などに威力を発揮します。他のWindows アプリケーションの中でも『Benchare 3D Explorerオブジェクト』として分子表示機能を利用できるので、研究発表のプレゼンテーション中でBenchware 3D Explorerを連携して利用する^※1、WebのHelperアプリケーションとして利用する^※2、といったことも可能です。また、開発環境IDEが組み込まれております^※3ので、VBAを利用したアプリケーションの作成・実行が可能です。独自機能の組み込みや他の計算化学ソフトウェアとの連携、GUI開発のプラットホームとしても御利用いただけます。

各種分子フォーマットの読み込み（mol2,SDF,PDB,smiles,SLN・・・）
分子表面のレンダリング、蛋白質リボン形式など（1つの分子に対して複数の表示形式を同時に適用可）
任意位置へのAnnotation表示（固定位置表示・3Dオブジェクト連携いずれも可能）
水素結合やぶつかりの表示、Energy Minimizer，Contextual 3D Editor
他のアプリケーションでのBenchware 3D Explorerオブジェクトタイプが利用可能（プレゼンテーションなどでの連携使用）
Webブラウザと連携させてHelper Applicationとして利用可能
IDE(Interactive Development Environment ：VBA開発環境)メニューやダイアログボックスの追加、独自機能の組み込み、外部のアプリケーションとの連携が可能

^※1オブジェクトの貼り付け・連携に対応したアプリケーションに限ります
^※2IE6で動作確認
^※3Version2.2以降ではIDEが基本機能の１つとして提供されます

Features

UNITYファーマコフォア表示
データベース検索時のQuery （Donor/Acceptor/HydrophobicおよびSurface Constraint）を表示した例

Benchware 3D Explorer 標準機能での表示

Benchware 3D Explorerでの表示からSceneファイルを作成、 POV-Rayでレンダリングを行った

編集機能
Complex構造を読み込んだ後、部分構造選択でLigand/Cofactorを抽出・分離して表示した例

Atom Selection Dialog Box機能
SYBYLソフトウェアでの原子選択とほぼ同程度の機能を提供

ファーマコフォア表示
ドナー・アクセプタの自動認識とファーマコフォア表示機能の提供

Contextual 3D Editorの利用例
ジヒドロ葉酸還元酵素(pdb 4dfr)とMethotolexateの表示。メニューバーより、官能基の追加、原子の変更、削除、回転可能結合の回転、変更後の分子の自動エネルギー極小化が行えます。
Benchware 3D Explorerでは、SYBYLで計算した各種解析結果を表示することも可能です