Benchware

Benchware^®MUSE

Product information

　Benchware MUSEは、Lead Hopping/Lead Expansion/Lead Optimizationなど目的に応じて自動的に分子構造を発生させる Molecular Invention用ソフトウェアです。各種の計算条件(出発構造、固定する構造の有無・好ましくないフラグメントの除去・スコア関数の選択)を順番に設定するだけで、新規骨格/置換基を含む新規活性候補構造を発生させることが可能です。構造を評価するスコア関数として、Surflex-Dock(ドッキング)やTopomer Search（類似性検索）といった外部プログラムを呼び出して利用することも可能です。

　　　　　　　　　　　　　　　　　

　・既存活性構造を基に新規化合物/Scaffoldを探索する“Lead/Scaffold Hopping”、既存構造の一部を
　　最適化する“Lead Optimization/Expansion”の各解析手法を用意。

　・用意された条件を順番に設定するだけで解析ができるようなワークフロー機能を採用。
　　計算化学ツールを初めて利用する研究者でも気軽に解析を行う事が可能。

　・リガンドベースのスコア関数を標準搭載。また、Surflex-Dockなどの外部のSYBYLプログラムと連結して
　　利用することも可能。

　・新規に発生する構造の中に出てきてほしくない部分構造を除去するフィルター機能も実装。
　　任意に定義した構造も指定可能。

　・Benchware Pantheonを基本プラットフォームとしていますので、発生構造をスプレッドシート上で
　　操作・解析することも可能。

Features

【新機能】
　★Color by Value機能が新たに追加されました。カラム内の数値に対し、仕切り値を設定する事で、
　　連続的・段階的に色分けを行う事ができますので、より鮮明なデータ分類・可視化が可能となります。
　　　　　　　　　　　　　　

【新機能】
　★論理演算機能にSimilarity Search/Substructure Searchが新たに追加されました。
　　算出した構造に対し、構造プロパティと類似性を組み合わせた絞込みも可能です。
　　　　　　　　　　　　　　

　★画面右側に表示される解析ワークフローに沿って条件を設定すれば、簡単に解析を行う事ができます。
　　計算化学に精通していない合成研究者の方にもストレスなくご利用いただけます。
　　　　　　　　　　　　　　

　★BW Museの条件設定の一例。ここでは、スコア関数と活性を有するReference分子を設定します。
　　目的に応じたスコア関数を選択します。また、Referenceとなる構造を指定します。
　　このとき、ファイルによる指定とEditorでの構造描画の2種類が用意されています。
　　　　　　　　　　　　

　★BW Museの条件設定の一例。ここでは、除外する部分構造のフィルターを設定します。デフォルトで、
　　約130個の構造を用意していますが、任意の構造を追加することも可能です。
　　　　　　　　　　　　

　★算出された化合物構造は、BW Pantheonのスプレッドシートに出力されます。プロパティ計算・
　　フィルタリングや構造のExportなど幅広い操作が可能です。
　　　　　　　　　　　　